شبیه سازی دینامیک مولکولی با Gromacs

امروز میخوایم در مورد یک نرم افزار باحال در زمینه استراکچرال بیوانفورماتیک حرف بزنیم!داریم در مورد یک نرم افزار تخصصی حرف میزنیم که کارش بررسی و شبیه سازی دینامیک مولکولی هست ولی شاید مهم بودن این قضیه برای ما از این بابت باشه که خیلی از ماها اطلاع نداریم که توی گنو/لینوکس هم میشه شبیه سازی های رایانه ای این شکلی روانجام داد!

GROMACS یک بسته همه کاره برای انجام دینامیک مولکولی هست،به عنوان مثال شبیه سازی معادلات نیوتنی،شبیه سازی حرکات ذرات از ۱۰۰ تا میلیون ها ذره و کاربردهای مختلف که بهشون اشاره خواهیم کرد.

امکانات و کاربردهای گرومکس:

  • شبیه سازی سیتم های پروتئین-لیگاند
  • طراحی دارو
  • کمپلکس های آنزیم-دارو
  • محاسبه انرژی
  • تعریف کردن حلال جدید
  • محاسبه و آنالیز تغییرات ساختاری
  • بررسی میزان نوسان تک تک اتم ها داخل ساختار
  • شبیه سازی غشاء و سیستم های فسفولیپیدی داخل سلولی
  • شبیه سازی کانالهای غشایی
  • بررسی و شبیه سازی عبور یونها از درون غشا
  • شبیه سازی DNA
  • شبیه شازی میانکنش DNA با آنزیم مورد نظر
  • محاسباتQM/MM
  • شبیه سازی تاخوردگی (folding) پروتئین ها
  • محاسبه ثابت های سرعت مسیرهای رفت و برگشت در تاخوردگی پروتئین
  • بررسی میزان انحراف تک تک اتم ها از جایگاه اصلی قبل و بعد از ایجاد تغییر
  • اندازه گیری خصوصیات ترمودینامیکی سیتم
  • بررسی تغییر زوایای اتمها درون ساختار
  • محاسبه میزان چگالی سیستم

 برای نصب گرومکس دو روش در پیش داریم،یکی نصب از مخازن هست که کافیه از طریق مرکز نرم افزاری اقدام به نصب کنید ولی ممکنه بسته به توزیعی که استفاده میکنید نسخه بروز این نرم افزار رو نداشته باشید.

نصب گرومکس از مرکز نرم افزاری

 نصب از طریق روش دوم رو توصیه میکنیم که از سورس کامپایل و نصب میشه و شامل آخرین نسخه بروز میشه.برای شروع بهتره که بریم از سایت گرومکس آخرین نسخه رو دانلود کنیم،برای دانلود بارکد زیر رو اسکن و یا روی آن کلیک کنید!

gromacs

 خب بعد از دانلود فایل نوبت به اکسترکت کردن فایل مربوطه میرسه،بهتره فایل رو در پوشه خانگی Home اکسترکت کنید و بعد سراغ ترمینال برید.اگه مشکلی با اکسترکت کردن فایل داشتید کافیه اینگونه عمل کنید:

tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz

بعد از اینکه از حالت فشرده خارج نمودید دستور زیر رو اجرا نمایید:

cd gromacs-5.1.4

با دستور فوق وارد پوشه گرومکس خواهیم شد و مراحل نصب رو با دستورات زیر پیش خواهیم برد:

mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
   make
  make check
  sudo make install
  source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

دستورات بالا رو خط به خط توی ترمینال اجرا کنید.

یکم مراحل نصب طول خواهد کشید و باید صبور باشید و نکته ای باید بگم اگر خطای cmake در نصب براتون پیش اومد چک کنید ببینید که آیا cmake نصب هست یا نه و اگه هست ورژن بالاتر از ۲ باشه.

گرومکس به صورت پیش فرض محیط گرافیکی نداره و عملیات رو با سوییچ متنی انجام میده و برای مشاهده نتایج باید از نرم افزارهای دیگه ای استفاده کرد که در مقاله های بعدی به آن اشاره خواهیم کرد.

موفق باشید.

 

 

فرم نظر دهی


تصویر امنیتی جدید تصویر امنیتی
82491
TodayToday156
YesterdayYesterday418
This_WeekThis_Week1512
This_MonthThis_Month6621
All_DaysAll_Days82491